武汉华工科技企业孵化器有限责任公司设立咨询部、培训部、综合部、信息部等部门，专门负责孵化器的运营和具体事务。

咨询部

1、负责组织审核入驻企业的孵化项目并与企业签订孵化管理协议；
2、组织建设企业入驻与退出论证评估体系，组织企业入驻前和退出时的论证评估；
3、负责本孵化器所持参股企业的股权管理、经营工作以及在孵企业的档案管理；
4、为在孵企业提供高新技术企业产业发展政策及其市场调研服务；
5、建立孵化器投融资服务体系，为在孵企业提供及时的投资服务、融资咨询和投资管理等服务；
6、为在孵企业获取与科技成果转化、产业化相关的政府扶持与优惠政策的咨询及代理服务；
7、为在孵企业提供公共关系与市场推广代理服务；
8、为在孵企业提供高新技术企业认定、复核申报工作的咨询及服务；
9、为在孵企业提供科研成果、新产品鉴定工作的咨询及服务；
10、为在孵企业提供注册、代帐、税务策划、工商年检、法律等方面的服务与咨询。

培训部

1、负责为在孵企业进行以现代企业管理知识为主要内容的培训与知识更新工作；
2、负责组织聘请对企业经营管理、财务管理、质量体系、信息系统、经营战略、组织管理、市场营销、技术创新、法律法规、财税政策等方面的知名专家、教授参加讲课；
3、负责制定孵化器和在孵企业的年度、季度培训计划，负责邀请在孵企业参加培训，保证培训质量和效果；
4、负责制定培训收费管理办法，合理收取培训费用；
5、负责建立培训网络和师资人才库等工作；
6、负责收集发放培训教材和资料，制定专兼职教师讲课费用标准和管理办法；
7、负责组织企业对外交流、参观、考察，为企业加强与国内外院校、科研院所和企业集团的交流与合作牵线搭桥；
8、负责孵化器网页培训中心栏目的有关内容的建设与更新。

综合部

1、负责孵化器日常行政事务，处理来信来访及协调各部门的工作；
2、负责会议通知、记录、纪要及督办会议决定的实施；
3、负责修定孵化器各项规章制度，检查各项制度的贯彻、落实情况；
4、负责孵化器各项工作规划、总结、报告、文件、通知的打印、存档、保密；
5、及时做好上级机关文件、指示精神的上传下达及重要资料的保管；
6、负责孵化器印章、介绍信的管理使用以及报刊订阅工作；
7、负责孵化器人事及工资管理；
8、负责孵化器财务工作，并负责培训、指导在孵企业的财务业务工作；
9、负责中心的宣传和信息收集；
10、负责文讯业务，做好办公设备管理、使用和维护工作；
11、负责中心固定资产的购置、管理、使用、维修；
12、为入驻企业提供会议、会客场所，根据需要提供会务服务；

信息部

1、负责编制孵化器信息化建设规划。根据审定的信息化建设规划，总体负责建设化建设；
2、负责信息中心日常工作，维护保养信息中心设备，管理信息中心文件资料，保障网络畅通可靠、服务良好 运行；
3、优质高效地为在孵企业提供网络接入、虚拟主机、企业邮箱、信息建设等各项服务；
4、负责维护更新孵化器门户网站，搜集了解用户建议，更好的为用户服务；
5、负责有关信息化事务的报批、备案、注册工作。